明治以降、歴代天皇の中で特に秀でたご活躍をされた天皇を讃える神社が創建されていきます。
後鳥羽天皇をおまつりする神社としては、大阪に水無瀬神宮があります。もともと後鳥羽天皇の御殿があった場所で、御遺言によって神霊がおまつりされていました。そして明治になり、神宮の号が付されました。
昭和に入ると、昭和１５年の紀元２６００年のお祝いとして、島根県でも天皇さまをおまつりする神社を創建し、皇室と我が国の歴史を讃えることが計画されます。そこで、県内でも特に皇室とゆかりのある場所であり、また後鳥羽天皇が承久の乱の後にお住いとされた、隠岐郡の海士町が神社創建にふさわしい場所として選定されました。
